กองอาคารสถานที่ จัดตั้งขึ้นจากการปรับโครงสร้างการบริหารงานของสำนักงานอธิการบดีเดิมเป็นงานอยู่ภายใต้สังกัด กองกลาง ต่อมาได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัยนเรศวรเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2552 (มติสภามหาวิทยาลัย การประชุมครั้งที่ 3/2552 (142) ให้จัดตั้งกองอาคารสถานที่ขึ้น เพื่อสนับสนุนให้การดำเนินกิจกรรม ตามภารกิจของมหาวิทยาลัยบรรลุตามเป้าหมายและเพิ่มประสิทธิภาพในการปฏิบัติงานให้สูงขึ้น สำนักงานกองอาคารสถานที่ตั้งอยู่บริเวณประตู 4 อาคารผลิตน้ำประปาเก่า (มติสภามหาวิทยาลัย ประชุมครั้งที่ 10/2563 278 ณ วันที่ 22 พฤศจิกายน 2563)
ปัจจุบันมีการแบ่งบริหารจัดการออกเป็น 6 หน่วยงาน
1.งานอำนวยการ
2.งานจัดการหอพักบุคลากร
3.งานภูมิทัศน์
4.งานสาธารณูปโภคและซ่อมบำรุง
5.งานสถาปัตยกรรมและวิศวกรรม
6.งานความปลอดภัยและการจัดการของเสีย